CoD:MW2なんですが、キャンペーンをクリアした人もぼちぼち増えてきたと思います。
今回も前作に劣らずストーリーを楽しめましたが、ストーリーが分かりにくいところが多々あります。
私の周囲でも「キャンペーンのストーリーが途中から分からなくなった」とか「大体分かったけど、アレは何で？」なんて意見をぼちぼち耳にするようになったので、私の理解している範囲でちょっと補足してみます。
いちおー北米版3回、日本語版1回クリアしております。

※ご注意※
この記事にはCoD:MW2の盛大なネタバレを含みます。
キャンペーンをクリアしていない人。
またはCoD:MW2を購入予定の人は絶対に読まないことをおすすめします。
以下はあくまで私個人の意見であり、公式の情報に基づいた説明ではありません。
あらかじめご了承ください。

祝

ア

ブ

ラ

タ

ニ

サ

｜

ン

健

在

1. プライス大尉は何故、核ミサイルを発射したのか？

ずばり、プライス大尉の独断専行の暴走である（笑）
そう考える理由は、このミッションの導入部（ローディング中の会話）シェパード将軍とプライス大尉の通信のやり取りの中で、プライス大尉がロシアの潜水艦に搭載されている核ミサイルの画像を送信した上で「油火災を消したいなら、それより大きい爆発を起こせばいい」と提案しています。
（原文）You wanna put out an oil fire, Sir, you set off a bigger explosion right next to it.
プライス大尉はさらにこう続けています。
「我々は大火の中に居る、大爆発が必要だ」
（原文）We got ourselves a pretty big fire. Gonna need a huge bang.
しかし、シェパード将軍はプライス大尉のこの提案を承諾しません。
そこでプライス大尉はここでワザと無線を切ります。
「接続が切れたようだ」（ニヤリ）
（原文）Looks like we lost our connection.
で、このミッションですが、もともとは核ミサイルを積んだロシア軍の潜水艦が潜航準備しているのを察知したのでシェパード将軍が基地制圧のためTF141を派遣したのだと思います。
ところがプライス大尉が核ミサイルを発射して高高度核爆発によるEMPを発生させてロシア軍の戦線が壊滅、一気に戦争終結へと向かったわけです。

2. 核ミサイルの爆発で何が起きたのか？

核ミサイルの行方は宇宙ステーションからの映像でも確認できましたが、高高度大気圏で爆発したと思われます。
合衆国のはるか上空で爆発した戦術核は強烈な電磁パルスを引き起こして、全ての電子機器をブッ壊しました。
この電磁パルスによる電子機器障害はEMPと称されており、直接的には生物を殺さない非殺傷の軍事手段であるが、航空機等の兵器は電子制御なしでは動かないため、ロシア軍の戦線が壊滅した。
その結果、残りは局地的に立てこもる兵士を掃討するだけとなった。
プライス大尉の目的はまさにそれで、核ミサイルによってEMPを発生させ、ロシア軍の大半を壊滅させることにあった。
なお、高高度上空で爆発したため、放射能汚染はないと考えられます。
核爆発によるEMPは放射能汚染を発生させずに核ミサイルを利用できる手段として軍事では認識されていますが、ミリオタしか知らないような事項なので分かりにくかったと思います。

3. 全てはシェパード将軍の企みなのか？

最初から全てシェパード将軍の陰謀だと思われます。
マカロフに大金を払って空港事件を起こさせた。
そのメンバーにアメリカ人であるジョセフ・アレン上等兵を潜入させておき、マカロフに殺させた。
空港事件はアメリカ人グループによるロシア人無差別大量虐殺事件とされた。
ロシア人の反米感情が一気に高まり、ロシア軍が報復として合衆国へ侵攻開始。
ソープ達に墜落した人口衛星のACSモジュールを回収させたが、衛星監視網の暗号をロシアに流出させていた。
暗号を入手していたロシア軍は防空監視をくぐり抜けて安々と合衆国領空へ侵入した。
もはや頼れるのはシェパード将軍のみとなり、国防長官から全権を委任される。
ここまで大成功。
用済みになったマカロフとTF141をまとめて抹殺しようとしたが失敗。

4. シェパード将軍の目的と動機は？

一連の事件の首謀者と考えられるシェパード将軍だが、彼を決意させたのは5年前の戦争でアルアサド捕獲作戦の指揮をとった際、核爆発によって3万人もの兵士を失ったことであると思われる。

終盤のシェパード将軍のセリフ「5年前、私は瞬く間に30,000人を失った」
（原文）Five years ago,I lost 30,000 men in the blink of an eye.

彼はこう続ける。
「それを世界はただ傍観した」
（原文）And the world just fuckin’ watched.
「明日からは志願兵の不足はない、愛国者の不足はないだろう」
（原文）Tomorrow there will be no shortage of volunteers,no shortage of patriots.

戦争をテレビの向こう側に押し込めて、ただ傍観するだけの平和ボケした人々に、戦争を間近で観せてやり、巻き込んでやり、そして体験させてやる。
そして自らが指導者となり、合衆国を強い国家に造り直したいと考えたのではないでしょうか。

思うにシェパード将軍はEMPにより早期に戦争終結に向かったことは想定外だったと思います。
もう少し時間をかけて支配していく計画だったと思います。

と、ここまで偉そうに書いてきてなんですが、自分も分からない部分が幾つかあります。
ストーリー上のセリフや演出では直接描かれていない部分は、もう想像するしかないですよね。

Q1. 大統領はどこいった？
シェパード将軍は国防長官から全権を委任されているが、大統領は無事なのだろうか？

Q2. フォーリー軍曹の部隊が救出しようとしたVIPは何者？ 回収したブリーフケースの中身は？
フォーリー軍曹の部隊がシェパード将軍の指令でVIPの救出に向かうが、既に死んでいたので、現場に残っていたブリーフケースを回収する。
外には空軍のジェット機の残骸がある。
VIPは既に死亡していたが、現場にはシャドーカンパニーっぽい兵士と死体があった。

Q3. マカロフはシェパード将軍の陰謀を知っていたのか？
空港事件を起こせば戦争になるのは自明の理であり、そうなればシェパード将軍が大権を握ることになるのは予想できるだろう。
シェパード将軍としてはマカロフに事情を知られているのは弱みであり、用済みになれば消そうとすることくらい分かるだろう。
それでも目先の大金に飛びついただけならシェパード将軍の言うとおり「ただの狂犬」である。

Q4. シャドウカンパニーとは？
終盤に登場するシャドウカンパニーだが、シェパード将軍子飼いの私兵のように観える。
民間軍事会社の傭兵集団なのかもしれませんね。
＜2010/6/27追記＞
シャドウカンパニーの兵士がSOCOMのワッペンを付けていることが確認できたので、アメリカ軍の特殊部隊だと考えられます。

Q5. 戦争は終わったのか？
EMPによりロシア軍の戦線が壊滅したため、終結に向かっていると考えられますが、はっきりしていません。
次回作へ続く可能性も?!
プライス大尉が「変だな？ 昨日、この戦争を終わらせたが」と言ってますので、終結への目処は立っているのではないでしょうか。
（原文）Strange. I could sworn we ended this war yesterday.

全体を通して前作に比べると分かりにくい部分が多いなぁ～という印象です。
まぁそれでもカッコイイし面白いのですがね。